Contrepartie du système déclaratif, le contrôle fiscal est strictement encadré. Il l’est, d’abord, dans le temps par l’existence de délais de prescription. Il l’est, ensuite, sur le plan procédural : le droit distingue, en effet, la procédure de rectification contradictoire et les procédures d'imposition d'office (taxation et évaluation d’office) qui, offrant moins de garanties aux contribuables, ne peuvent être mises en œuvre que dans certaines hypothèses. Il l’est, enfin, sur le plan des pénalités applicables en cas de redressement.
Le contrôle fiscal mené par les agents de la DGFIP (Direction générale des finances publiques) vise à s’assurer que les déclarations déposées par les contribuables sont exactes. Ce contrôle est la contrepartie du système déclaratif. Lorsqu’une anomalie est constatée, celle-ci peut donner lieu soit à un contrôle sur pièces (c’est-à-dire du bureau) si elle est de faible montant et suffisamment caractérisée, soit à un contrôle fiscal externe si elle est d’un montant significatif et nécessite des investigations poussées.
Outre les règles propres à tout acte administratif, l’administration fiscale doit, lorsqu’elle notifie des rappels d’impôts, respecter un ensemble de règles spécifiques au droit fiscal. Il lui revient, ainsi, de faire connaître au contribuable les rehaussements qu'elle envisage à son encontre, en lui adressant une proposition de rectification suivant une procédure qui est fonction de la situation déclarative de l’intéressé.
Le système fiscal français est un système déclaratif. La contrepartie de cette caractéristique est que l’administration fiscale puisse exercer un contrôle des éléments déclarés pour éviter toute fraude et, dans le même temps, assurer l’égalité de tous devant l’impôt. Ainsi s’explique que le législateur ait mis à sa disposition différents outils lui permettant d’obtenir des informations pour remplir cette mission.
Afin d’assurer une certaine effectivité de la règle fiscale, le Code général des impôts (CGI) prévoit l’application de pénalités qui viennent s’ajouter au montant des droits faisant l’objet des rappels. Ces pénalités s’appliquent à l’occasion de multiples infractions : non dépôt ou dépôt tardif d’une déclaration, insuffisance déclarative (en phase d’assiette) ; non-paiement, paiement tardif ou paiement partiel (en phase recouvrement).
Dans le cadre de son pouvoir de contrôle, l’administration fiscale dispose d’un droit de rectification qui lui permet de modifier les déclarations des contribuables et de procéder, ainsi, à des rappels d’impôts. Afin d’apporter des garanties aux contribuables, le droit fiscal limite ce pouvoir dans le temps, puisqu’il ne peut s'exercer qu'à l'intérieur d'un certain délai, appelé délai de reprise, à l’expiration duquel aucune imposition, primitive ou supplémentaire, ne peut plus être établie.